Выставка подводного мира «Наутилус» была организована в 1993 году на базе Дома творчества детей и юношества Октябрьского административного округа. Это была в первую очередь инициатива ребят из кружка «Аквариумное рыбоводство», именно их руками создавалась выставка из подручных материалов в подвальном помещении Дома творчества.
Выставка должна была выглядеть как подводный корабль: на входной двери можно увидеть люки, а аквариумы создают впечатление, что посетитель находится на борту подводной лодки. Поэтому школьники назвали выставку в честь знаменитой подлодки капитана Немо — «Наутилус». В 2021 году выставка подводного мира стала называться Омский акванариум «Наутилус».
Акванариум круглогодично принимает посетителей. Для более полного представления гостей об обитателях «Наутилуса» были специально разработаны экскурсии, они делятся на обзорные и тематические. Обзорная экскурсия включает в себя рассказ об аквариумистике в целом и об обитателях выставки.
Тематические экскурсии представляют по большей части интерес для аквариумистов-любителей. В рамках этих экскурсий рассказывается об особенностях содержания, размножения отдельных видов рыб; даются основы аквариумостроения; дается информация о принципах поддержания баланса в аквариуме. Также посетители могут задать любые интересующие вопросы специалистам.
На базе Омского акванариума «Наутилус» можно проводить уроки биологии, зоологии, ботаники, природоведения.