В 1915 году омское Общество хоругвеносцев ходатайствовало об отводе участка городской земли для постройки храма. Церковь была освящена в 1919 году недостроенной, без куполов и колокольни. Строители использовали проект столичного архитектора А.И. фон Гогена для церкви на территории омского госпиталя.
4 июля 1939 года здание церкви передано школе № 13 под клуб, годом позднее в Игнатовской церкви размещался воинский склад, а после в храме открыли кинотеатр «Экран». Здание было поставлено на государственную охрану как памятник архитектуры только в 1989 году. Вскоре его передали Омской епархии.
С лета 1992 года в храме начались службы на постоянной основе. С 2012 по 2016 год была произведена капитальная реконструкция храма. В 2017 году началось расширение церковной территории. Храм находится в восточной части Омска, открыт он для посетителей каждый день с 8.00 до 18.00. Сейчас в храме ежедневно совершается богослужение, действует воскресная школа для детей и молодежный клуб, проводятся огласительные беседы с желающими креститься или стать крестными родителями.